На процессе адвокатам удалось доказать непричастность своих подзащитных к совершению таких преступлений, как терроризм и умышленное причинение тяжкого вреда здоровью. Их, однако, признали виновными в незаконном обороте боеприпасов и взрывчатых веществ, а Дзахкиев, кроме того, был осужден и за разбой, совершенный им в 2003 году в Саранске и не имеющий отношения к "Невскому экспрессу". Таким образом, Дзахкиев получил 10 лет лишения свободы строгого режима, Хидриев - 4 года общего режима.
Адвокаты и их подзащитные не удовлетворились этим приговором и потребовали отмены вынесенного решения и полного оправдания. В ходе процесса Дзахкиев и Хидриев неоднократно заявляли, что вообще не имеют никакого отношения к теракту, и требовали оправдать их по всем статьям.
Скоростной фирменный поезд №166 "Невский экспресс", следовавший из Москвы в Санкт-Петербург, был подорван вечером 13 августа 2007 года на территории Новгородской области, неподалеку от станции Малая Вишера. По данным следствия, террористы заложили мину мощностью около 9 кг тротила на путях неподалеку от моста, рассчитывая, что после взрыва состав рухнет в реку. В результате подрыва поезд действительно сошел с рельсов, но благодаря высокой скорости (около 200 км/ч) буквально пролетел мост. Жертв чудом удалось избежать, около 60 человек получили травмы.
Сразу после теракта следствие активно отрабатывало самые разные версии, и в общей сложности по этому делу задерживалось около десяти человек. В итоге следователи пришли к выводу, что за терактом стоят чеченские террористы, а в подготовке подрыва участвовали жители Ингушетии Хидриев и Дзахкиев.
Они якобы по заданию лидера боевиков Доку Умарова доставили к месту подрыва гексоген и помогли собрать бомбу непосредственному исполнителю и организатору теракта Павлу Косолапову. Этот бывший российский военнослужащий, принявший ислам и перешедший на сторону сепаратистов, превратился почти в легендарную личность - его считают организатором ряда терактов в различных регионах России в начале 2000-х годов. Уже много лет о его судьбе ничего не известно, и почему следствие посчитало организатором теракта именно его, неясно.
В ходе процесса, начавшегося в июне 2009 года, стали известны скандальные подробности расследования теракта. Подсудимые неоднократно заявляли, что с целью получения признательных показаний в СИЗО на них оказывали моральное и физическое давление. Адвокаты подсудимых отмечали, что вся версия следствия основана на предположениях следователей и признаниях Хидриева. Соответствующие показания, по словам адвокатов, он дал лишь однажды, весной 2008 года, в обмен на обещание освободить из-под стражи его брата Амирхана, также проходившего по этому делу в качестве подозреваемого и отпущенного на свободу как раз в апреле 2008 года.
Тогда Хидриев признался, что вместе с Дзахкиевым якобы доставил взрывчатку в Новгородскую область. Признание Хидриева, от которого он сам в ходе суда неоднократно отказывался, в итоге стало единственным доказательством против Дзахкиева. Вызванные в суд свидетели обвинения не опознали его, а ничего другого прокуроры представить не смогли - в машине Хидриева и на его одежде эксперты так и не нашли следов взрывчатого вещества. В материалах дела ничего не сказано и о том, когда именно, как и в каком количестве подсудимые перевезли взрывчатку. Следствие не установило и то, где именно несостоявшиеся террористы ее раздобыли и где передали Косолапову.
Защита подсудимых не раз отмечала, что следователи упорно игнорировали факты, подтверждающие алиби Хидриева и Дзахкиева, в том числе данные биллинга их мобильных телефонов. На многочисленные недоработки следствия в свое время обращала внимание и Генпрокуратура, которая в конце 2008 и в марте 2009 года дважды отказалась утвердить обвинительное заключение и направляла его на доработку.
Однако суд признал, что ингуши виновны в перевозе взрывчатки, но, как следует из приговора, о целях этой транспортировки ничего не знали и не подозревали. И теперь Хидриев и Дзахкиев хотят опровергнуть это обвинение в Верховном суде.
В 2009 году пассажиры "Невского экспресса" вновь пострадали от теракта. Вечером 27 ноября на границе Тверской и Новгородской областей под локомотивом поезда сработало взрывное устройство мощностью около 7 кг тротила. В результате трагедии погибли 27 человек.