Инициаторы референдума предлагали вынести на обсуждение следующие вопросы: Вы за запрет ввоза из других государств на территорию России радиоактивных материалов на хранение, захоронение или переработку?; Вы за то, чтобы в России был государственный федеральный орган по охране окружающей среды отдельно как от органа по использованию, так и от органов по управлению природными ресурсами?; Вы за то, чтобы в России была юридически самостоятельная государственная лесная служба?
Рабочая группа ЦИК предложила направить материалы, связанные с референдумом, в федеральные органы власти для того, чтобы мнение граждан, поддержавших экологический референдум, было в дальнейшем учтено в законотворческой деятельности.