В январе 2011 года Главное следственное управление СК РФ по Москве возбудило уголовное дело по факту преднамеренного банкротства "Межпромбанка". ЦБ РФ отозвал лицензию МПБ 5 октября 2010 года, а 30 ноября суд признал банк банкротом. Дело было возбуждено по заявлению Агентства по страхованию вкладов, которое являлось конкурсным управляющим МПБ.
Пугачев, используя дипломатический паспорт, улетел в Ниццу из аэропорта Внуково.
10 апреля 2014 года следствие вновь запустило процесс привлечения бывшего сенатора в качестве обвиняемого по уголовному делу. Об этом представитель ГСУ СК РФ заявила на заседании Басманного суда по жалобе защиты Пугачева на привлечение его в качестве обвиняемого (на действия следствия в порядке статьи 125 УПК РФ). Ранее московские суды отказывались арестовывать фигуранта, однако с третьей попытки он был заочно взят под стражу.
В прошлом Сергей Пугачев входил в список российских долларовых миллиардеров и получил прозвище Банкир православных силовиков. Российская пресса называла Пугачева "православным олигархом" и даже "кардиналом Кремля" в связи с тем, что тот якобы являлся основным связующим звеном между высшей российской властью и иерархами Русской православной церкви.
Пугачев также представлял Туву в Совете Федерации с 24 декабря 2001 года до начала января 2011 года, когда глава республики своим указом досрочно прекратил его сенаторские полномочия. В 2008 году журнал Forbes оценивал состояние банкира в 2 млрд долларов - тогда бизнесмен занимал 50-е место в рейтинге богатейших россиян.