Глава ЮКОСа был арестован в октябре 2003 года, в июле того же года был арестован глава МФК МЕНАТЕП Платон Лебедев. Они были осуждены на девять лет лишения свободы каждый Мещанским судом Москвы 31 мая 2005 года. Суд признал их виновными по семи статьям УК РФ, в том числе - в мошенничестве и неуплате налогов, сообщает "Интерфакс".
Кассационная инстанция Мосгорсуда 22 сентября 2005 года снизила обоим срок наказания до восьми лет заключения, после чего Ходорковский и Лебедев были этапированы для исполнения приговора в колонии: Ходорковский - в Краснокаменск Читинской области, Лебедев - в поселок Харп Ямало-Ненецкого АО.
В конце 2006 года Ходорковский и Лебедев были этапированы из колоний в читинский СИЗО в связи с расследованием нового уголовного дела.
В рамках нового уголовного дела Генпрокуратура РФ обвиняет Ходорковского и Лебедева в легализации 450 млрд рублей и $7,5 млрд в период с 1998 по 2004 годы.