Никонова в 2005 году защитила диссертацию на соискание ученой степени кандидата экономических наук по теме "Стратегическое управление деятельностью предприятий фирменного сервиса: на примере Республики Башкортостан".
Анализ этой диссертации также проводили участники сообщества "Диссернет", которые пришли к выводу, что около трети страниц работы Никоновой содержат заимствования, на которые в тексте нет абсолютно никаких ссылок. В сообществе отметили, что автор лишь производила замену некоторых понятий, слов на синонимичные, например "организация" на "компания" или "2001 г." на "2002 г.".
По словам Катерины Губы и Михаила Соколова, Никонова также промышляла публикацией своих статей в "мусорных" журналах - изданиях, которые берут деньги за размещение и не проверяют качество работ.
Именно на основании заключения Светланы Никоновой у Шанинки была отозвана государственная аккредитация. По официальной версии Рособрнадзора, причиной такого решения стали выявленные нарушения и недостаточно высокая квалификация сотрудников. Также было установлено несоответствие качества и содержания программ.
Ректор вуза Сергей Зуев заявил, что не согласен с некоторыми замечаниями. По его мнению, в заключении экспертов, опубликованном Рособрнадзором, "есть ряд фактических ошибок". "Это те нарушения, которые ищут, когда хотят закрыть. Такие нарушения есть практически в любом учебном заведении", - сообщила "Коммерсанту" доцент кафедры социологии ВШЭ Элла Панеях.
Ранее в СМИ появилось несколько версий об истинных причинах конфликта университета с государством. По одной из них, происходящее связано с отравлением Скрипалей: основатель Шанинки работает в Университете Манчестера, а после начала расследования химатаки в Солсбери российские власти уже успели закрыть одну британскую образовательную организацию - Британский совет.
По другой версии, на школе "сосредоточила свое внимание" служба по защите конституционного строя и борьбе с терроризмом ФСБ. Один из собеседников издания в руководстве вуза сказал, что в последнее время "создавалось впечатление, что в ФСБ считают школу слишком независимой и слишком часто контактирующей с зарубежными университетами, "настоящим рассадником либерализма".
В субботу глава Счетной палаты Алексей Кудрин заявил, что лишение Московской высшей школы социальных и экономических наук государственной аккредитации лишний раз свидетельствует о необходимости пересмотра работы Рособрнадзора, поскольку установленные им жесткие форматные критерии мешают работе университетов и противоречат целям развития России.