В ходе напряженной дискуссии вокруг 1600 поправок к законопроекту подавляющее большинство из них было отклонено, в том числе все наиболее принципиальные. В частности, не прошла поправка, предусматривавшая отказ от бюджетного финансирования политических партий. В результате в одобренном варианте сохранилось положение, которое предусматривает госфинансирование партий, получивших на парламентских выборах не менее 3 % голосов (в размере 0,005 минимальных размеров оплаты труда за каждый полученный голос на парламентских выборах).
В законопроекте указано, что "государственная поддержка политических партий путем их финансирования осуществляется по итогам участия партий в выборах в целях компенсации их финансовых затрат" в ходе избирательной кампании. Финансирование партий осуществляется из средств госбюджета. При этом партии имеют право на получение таких финансовых средств в двух случаях: если партия на парламентских выборах преодолела трехпроцентный барьер, или, если не менее 12 кандидатов от этой партии выиграли выборы по одномандатным округам.
Законопроект устанавливает, что при этом партия вправе отказаться от государственного финансирования. Одновременно законопроект разрешает принимать партиям, как на федеральном, так и на региональном уровнях, пожертвования от физических лиц наличной суммой, которая в течение календарного года не должна превышать 10 минимальных размеров оплаты труда (с 1 июля МРОТ составит 300 рублей). Эта поправка вызвала резкий протест представителя президента в Госдуме Александра Котенкова, но все же была принята.
Законопроектом устанавливается норма, необходимая для регистрации федеральной политической партии. Минимальная численность федеральной политической партии должна составлять 10 тысяч членов. При этом структурные организации партии в половине субъектов России должны составлять не менее 100 человек, а в остальных субъектах - не менее 50 человек.
В обновленном варианте законопроекта сохранился запрет на создание региональных партий, против которого также активно выступала часть депутатов. В документе сохранилось положение, допускающее к различным уровням выборов только федеральные партии, зарегистрированные Минюстом России.
В случае нарушения партиями законодательства, а также в случае осуществления партией деятельности, противоречащей ее уставу, прокурор вносит официальное предупреждение федеральному руководству партии или конкретному ее региональному подразделению. При этом за партией остается право обратиться в суд, если она не согласна с вынесенным предупреждением. В случае, если партия не устраняет указанные органами прокуратуры нарушения, ее деятельность может быть приостановлена на срок до шести месяцев на основании судебного решения, которое выносится по обращению прокурора. Если и после этого партия не устраняет указанные нарушения, то ее деятельность может быть прекращена на основе судебного решения. При этом законом оговаривается, что в период начавшейся избирательной кампании после того, как федеральный список кандидатов от конкретной партии был зарегистрирован, деятельность партии не может быть приостановлена, вплоть до дня выборов.