По данным ведомства, Исаев был участником запрещенной в РФ террористической организации "Имарат Кавказа" и, пользуясь служебным положением, в 2009-2010 годах информировал руководителей этой группировки о деятельности Кизлярского РОВД и спецоперациях против незаконных вооруженных формирований.
Также сообщается, что он неоднократно лично перевозил руководителей структурных подразделений "Имарата Кавказа"* по территории Дагестана и лично доставил на автомобиле одну из смертниц с закрепленным на ней самодельным взрывным устройством на автостанцию в районе Кизляра для ее выезда в Москву.
Исаеву предъявлено обвинение в по ряду статей УК РФ: участие в преступном сообществе, совершенное лицом с использованием своего служебного положения; бандитизм; террористический акт (ч. 3 ст. 210, ч. 3 ст. 209, п. "б" ч. 3 ст. 205 УК РФ).
Утром в час пик 29 марта 2010 года две террористки-смертницы устроили взрывы на станциях метро "Лубянка" и "Парк Культуры". Погиб 41 человек, пострадали более 90. Взрыв на "Лубянке" совершила уроженка Дагестана Мариам Шарипова 1982 года рождения, на "Парке культуры" - 19-летняя Джанет Абдурахманова (Абдуллаева), вдова лидера дагестанских боевиков Умалата Магомедова, уничтоженного в ходе спецоперации.
Ответственность за взрывы взял на себя Доку Умаров (ликвидирован в 2013 году). В мае 2010 года директор ФСБ Александр Бортников сообщил о ликвидации трех бандитов, причастных к теракту. Среди них были люди, сопровождавшие смертниц в Москву и одну из них - непосредственно на место теракта. В августе того же года в ходе спецоперации МВД и ФСБ был уничтожен организатор взрывов Магомедали Вагабов.