Черняков обвиняется в совершении преступлений, предусмотренных частью 4 статьи 159 (мошенничество в особо крупном размере), частью 4 статьи 159.1 (мошенничество в сфере кредитования), частью 2 статьи 145.1 (невыплата заработной платы) УК РФ.
По версии следствия, в 2011 году "Черняков в рамках исполнения ранее подписанного инвестиционного контракта заключил соглашение на строительство многофункционального комплекса Академии Дзюдо России между администрацией городского округа Звенигород Московской области и некоммерческим партнерством "Национальный союз ветеранов дзюдо".
Черняков получил более 28 млн рублей на расчетный счет организации. При этом строительство не завершил и подделал акты о приемке выполненных работ. Полученные средства он похитил и распорядился ими по своему усмотрению.
Кроме того, в период с 2011 по 2012 годы "Черняков похитил денежные средства АКБ "Банк Москвы" на общую сумму 14 млрд рублей". Эти деньги были выделены компании ООО "НПО "Космос" в качестве целевого кредита на пополнение оборотных средств при выполнении государственного контракта.
Также в период с 2013 по 2014 годы "Черняков не выплачивал в полном объеме заработную плату своим работникам. Общая сумма долга превышала 183 млн рублей.
"Причем в этот же период бывший руководитель НПО "Космос" похитил со счетов возглавляемой им организации более 2 млрд 885 млн рублей и перевел их на расчетные счета аффилированных предприятий, якобы в счет погашения задолженности по поставке товаров и выполненных работ", - подчеркнул представитель Генпрокуратуры.
Черняков был объявлен в международный розыск. В декабре 2017 года его задержали на территории Польши, после чего Генеральная прокуратура РФ направила запросы о его выдаче для привлечения к уголовной ответственности. В сопровождении спецконвоя Андрей Черняков будет доставлен в Москву.
Ранее газета "Коммерсант" сообщала, что Черняков, проведя почти два года в польской тюрьме, сам попросил отправить его на родину, полагая, что там эффективно и справедливо рассмотрят его дело.
По данным газеты, в заявлении на имя министра юстиции - генпрокурора Польши Збигнева Зебро "Черняков указал, что он уже 22 месяца содержится под стражей в Варшаве, вопрос с его передачей властям Германии, в которой экс-глава НПО "Космос" имеет вид на жительство, так и не был решен, поэтому, чтобы не затягивать дело об экстрадиции в Россию, бизнесмен заявляет о добровольном желании вернуться на родину".
Полноценное движение автомобилей по Алабяно-Балтийскому тоннелю в районе Сокола в Москве, являющегося одним из самых дорогостоящих транспортных проектов, строительство которого затянулось на много лет, было запущено 25 декабря 2015 года. В 2013 году мэр Москвы Сергей Собянин сообщил, что на строительство Алабяно-Балтийского тоннеля было затрачено около 80 млрд рублей. Позже он неоднократно заявлял, что нынешние городские власти не согласились бы на столь дорогостоящий объект.