Подколзин возглавлял ВДВ с августа 1991 по октябрь 1996 года и ушел в запас по возрасту. Он положил начало международной миротворческой деятельности ВДВ, направив батальон десантников в 1992 году на Балканы.
Одна из наград боевого генерала - орден "Знак Почета" - была связана с помощью местному населению в дни землетрясений в Закавказье и защитой граждан и объектов на территории Армении и Азербайджана.
Похоронен генерал-полковник Евгений Подколзин на Троекуровском кладбище Москвы.