Суд согласился с доводами представителя ведомства о том, что "Поповских был признан виновным по статье 286 УК РФ - "превышение должностных полномочий" и отпущен по нереабилитационным причинам, а, следовательно, не может иметь право на компенсацию".
Кроме этого, суд также признал незаконным и то, что согласно решению суда первой инстанции Ирина Алешина, представляющая интересы гособвинения по делу Дмитрия Холодова, должна принести официальные извинения от имени Генпрокуратуры лично Поповских через средства массовой информации. Свое решение суд мотивировал также и тем, что МОВС, удовлетворяя иск Поповских, оставил без удовлетворения ходатайство ответчиков об ознакомлении с материалами дела.
Полковник ВДВ Павел Поповских, дважды оправданный по делу об убийстве обозревателя "Московского комсомольца" Дмитрия Холодова подал в Тверской суд столицы иск к Минфину РФ, в котором потребовал 52 млн рублей в качестве моральной компенсации. Указанная в иске сумма 52 млн рублей равна числу месяцев (52), которые обвиняемый провел в заключении, и времени, в течение которого продолжалось уголовное преследование. Поповских содержался в СИЗО с февраля 1998 по июнь 2002 года.
15 декабря 2005 года Московский окружной военный суд удовлетворил иск Поповских к России и обязал Минфин РФ выплатить ему 2 млн 135 тысячи 341 рубль в качестве компенсации материального ущерба за незаконное, по его мнению, уголовное преследование по делу об убийстве Холодова.
Кроме того, суд обязал государственного обвинителя по делу об убийстве Холодова Ирину Алешину, принести официальные извинения Поповских от имени государства через СМИ, в том числе государственные.
В феврале 2006 года Тверской суд Москвы в 350 раз снизил размер компенсации Поповских за уголовное преследование по делу Холодова. Суд постановил выплатить Поповских вместо требуемых 52 млн рублей всего 150 тысяч рублей. Адвокат Поповских Игорь Яртых пообещал обжаловать это решение.
Корреспондент "Московского комсомольца" Дмитрий Холодов был убит 17 октября 1994 года. В июне 2004 года Московский окружной военный суд полностью оправдал шестерых обвиняемых в убийстве Холодова - полковника ВДВ Павел Поповских, командира отряда 45-го полка ВДВ Владимира Морозова, его заместителей Александра Сороку и Константина Мирзаянца, замглаву частного охранного предприятия "РОСС" Александра Капунцова, а также предпринимателя Константина Барковского. 14 марта 2005 года военная коллегия Верховного суда подтвердила законность оправдательного приговора, и он вступил в силу.