Осенью 2016 года Вороненков уехал на Украину, где дал показания Генеральной прокуратуре страны по делу о госизмене бывшего президента Виктора Януковича и подверг критике политику российских властей.
3 марта Басманный суд Москвы заочно арестовал Вороненкова, он объявлен в международный розыск, хотя точно известно, что экс-депутат проживает в Киеве вместе с женой, также бывшим депутатом от партии "Единая Россия", певицей Марией Максаковой.
Вороненков обвиняется в мошенничестве в особо крупном размере в составе организованной группы. По данным следствия, Вороненков в 2011 году совершил рейдерский захват принадлежавшего кондитерской фирме "Тома" здания в центре Москвы. Вороненков и его сообщники подали в налоговую инспекцию фиктивные документы и увеличили уставный капитал фирмы, внеся в ее активы кожаный диван за 20 тыс. рублей. В итоге в число владельцев был введен подставной акционер Илья Щербак, а учредитель Отари Кобахидзе лишился возможности влиять на принятие решений. Здание было продано за 20 млн рублей при рыночной стоимости 127 млн рублей.
В деле фигурируют бывшие сотрудники ФСБ Сергей Шишаков и Андрей Мурзиков, которые сообщили Вороненкову о конфликте в руководстве "Томы", а также риелтор Олег Крылов и бизнесмен Виталий Качур, который купил здание.
Из материалов дела следует, что Вороненков передал взятку в размере 15 тыс. долларов за внесение изменений в учредительные документы фирмы, 5 тыс. долларов стоили фальшивый кадастровый паспорт на здание магазина и другие фиктивные документы. 35 тыс. долларов было уплачено за регистрацию налоговым органом изменения состава участников и руководителя "Томы". По данным следствия, кроме того, было потрачено 20 тыс. долларов. Еще 1 млн рублей за свое участие в деле получил Щербак.
От продажи здания Вороненков получил 6,4 млн рублей, Мурзикову и Шишакову полагалось по 4,8 млн рублей, Крылову - 2,2 млн рублей, еще 1,8 млн руб. были потрачены на обналичивание денег. От Качура Вороненков втайне от других участников сделки получил еще 1,2 млн долларов.
Показания на экс-депутата дали бывшие сотрудники ФСБ Шишаков и Мурзиков, риелтор Крылов и гендиректор "Томы" Мария Владимирская. Все они после признания своей вины получили условные сроки. Также показания на Вороненкова дали Качур и его адвокат Виталий Чабан - их приговорили к полутора годам и четырем месяцам колонии соответственно.