Бабакехян в 2006 году был арестован в Испании по требованию российской стороны и экстрадирован в Москву из Мадрида сотрудниками ФСИН РФ и российского бюро Интерпола рейсом "Аэрофлота" в 2:15 мск субботы, который приземлился в Москве около 7:00 утра.
Магаданский губернатор был убит 18 октября 2002 года в Москве на улице Новый Арбат у здания, принадлежащего Совету Федерации, в котором также расположены представительства Магаданской области и других российских регионов.
В июле 2003 года Генпрокуратура объявила о раскрытии преступления. Были арестованы двое подозреваемых - Сергей Филиппенко и Артур Анисимов. Еще пятеро, включая Александра Захарова и Мартина Бабакехяна, были объявлены в розыск.
Как полагает следствие, Бабакехян и Александр Захаров в октябре 2002 года в составе организованной группы совершили убийство губернатора, а также покушение на убийство заместителя руководителя представителя Магаданской области при правительстве РФ. Соучастник преступления Захаров по требованию Генпрокуратуры РФ 31 июля 2007 года был экстрадирован из Испании в Россию.
Бабакехян был арестован по требованию России на испанском курорте Марбелья в июле 2006 года.
"Это (экстрадиция) стало возможным после того, как компетентные органы Испании удовлетворили ходатайство Генпрокуратуры РФ о его выдаче", - сказал представитель НЦБ Интерпола. Вопрос об экстрадиции Бабакехяна решался в установленном порядке в Национальной судебной палате Испании, а затем рассматривался на заседании правительства.