Одним из эпизодов судебного разбирательства является убийство частного нотариуса Галины Перепелкиной. Гражданский муж Перепелкиной, Юрий Бушев, был также признан потерпевшим по делу Александра Пуманэ. Первоначальная версия следствия - подготовка теракта (в машине Пуманэ были найдены две мины, тротиловая шашка и 20 литров химикатов). Позже следствие склонилось к мысли, что Пуманэ был членом "кингисеппской группировки" и готовил покушение на Юрия Бушева. А заказчиком убийства Перепелкиной, а также нескольких неудачных покушений на Юрия Бушева следствие считает бывшего сенатора от Башкирии Игоря Изместьева, дело которого выделено в отдельное производство.
Игорь Изместьев был арестован 17 января 2007 года по подозрению в организации убийства Галины Перепелкиной. Затем к обвинению добавилось покушение на дачу взятки сотруднику ФСБ Ольге Нужденовой. Юрий Бушев также указал на Изместьева как на заказчика убийства Галины Перепелкиной и еще троих коллег Бушева по нефтяному бизнесу: директора по производству Новоуфимского нефтеперерабатывающего завода Салавата Гайнанова, главбуха "Башнефтехимторга" Валерия Сперанского, а также менеджера танкерной фирмы "Ронекс" Олега Булатова.
21 ноября Мосгорсуд оправдал обвиняемых в организации одного из покушений на Юрия Бушева. В ответ Юрий Бушев заявил отвод гособвинителю от Генпрокуратуры и потребовал привлечь в качестве обвиняемого по "делу Пуманэ" Игоря Изместьева. Ранее Изместьева пробовали привлечь в качестве свидетеля, однако его защита оспорила это: по одному и тому же преступлению человек не может быть одновременно и свидетелем, и обвиняемым.
Таким образом, следствия и суды по нескольким уголовным делам могут оказаться тесно связаны благодаря свидетелю и потерпевшему Юрию Бушеву.