"Ведомости" со ссылкой на материалы следствия и источник пишут, что "неустановленные лица из числа руководителей "Трансаэро" злоупотребили своими полномочиями против интересов авиакомпании в целях извлечения выгоды для других лиц <...> необоснованно подписали дополнительное соглашение, лишив компанию права на получение не менее 610 млн рублей субсидий за перевозки".
13 ноября 2015 года к договору о субсидируемых перевозках на Дальний Восток было заключено дополнительное соглашение, его подписали Александр Нерадько и руководивший на тот момент "Трансаэро" Дмитрий Сапрыкин. В документе прописанная сумма 1,095 миллиарда рублей без указания причин поменялась на 485 миллиона рублей.
Сапрыкин был замгендиректора "Аэрофлота", а в сентябре 2015 года стал и гендиректором "Трансаэро" с целью ее интеграции в "Аэрофлот". Следствие хочет провести комплекс следственных мероприятий, чтобы проверить законность действий руководства "Трансаэро" и Росавиации, в частности назначить почерковедческую экспертизу подписей Нерадько и Сапрыкина, говорится в материалах дела.
Источник издания пояснил, что "Трансаэро" просто не отлетала на всю сумму субсидий, поэтому Сапрыкин отказался от их части с тем, чтобы Росавиация могла распределить ее между другими авиакомпаниями. Однако по словам бывшего менеджера "Трансаэро", компания выполнила все обязательства и ей полагалась вся сумма.
В 2015 году из бюджета было выделено 3,4 миллиарда рублей на субсидирование полетов на Дальний Восток, а "Трансаэро" перевезла 28% пассажиров этой программы. Как подсчитали "Ведомости", авиакомпания должна была получить 950 миллионов рублей.
Авиакомпания "Трансаэро", которая в недавнем прошлом была вторым по значимости игроком на российском рынке авиаперевозок после "Аэрофлота", столкнулась с финансовыми трудностями из-за ухудшения экономической ситуации в стране и в октябре 2015 года перестала обслуживать долги, на тот момент составлявшие с учетом лизинговых обязательств около 250 миллиардов рублей. 26 октября 2015 года у авиакомпании отозвали сертификат на право полетов.
Арбитражный суд Санкт-Петербурга и Ленинградской области в сентябре 2017 года признал авиакомпанию банкротом и ввел в отношении нее процедуру конкурсного производства. Требования кредиторов на момент банкротства достигли 329 млрд рублей.