Защитник Валентина Ковалева также сослался на грубые нарушения закона, которые, по его мнению, были допущены в ходе предварительного следствия и "поставили под сомнение собранные доказательства по делу". Одним из них адвокат считает отсутствие постановления о принятии уголовного дела к производству следственным комитетом при МВД России, что "предопределило незаконность всего остального".
Как утверждает следственный комитет при МВД России, в ноябре 1994 года Ковалев создал Фонд общественной защиты гражданских прав, а став министром юстиции, продолжил руководить им и распоряжаться его средствами, поступавшими в качестве благотворительных взносов.
Валентин Ковалев, по мнению следствия, создал группу, которая расхищала средства фонда. Соучастники Ковалева, как утверждает следствие, составляли подложные договоры с фиктивными фирмами, перечисляли на их счета крупные суммы, обналичивали их и делили между собой и своим шефом.
В то же время сам Ковалев утверждает, что примерно за месяц до возбуждения в отношении него уголовного дела по его собственной инициативе была проведена проверка Фонда общественной защиты гражданских прав, в ходе которой выяснилось, что его подпись была подделана.
Обвинитель потребовал приговорить Валентина Ковалева к 9 годам лишения свободы с отбыванием наказания в колонии строгого режима. Представитель Генпрокуратуры считает, что Ковалев должен быть признан виновным за неоднократное хищение вверенного ему имущества в крупных размерах (статья 160 УК РФ), а также в получении взяток (статья 290 УК РФ).
Сам Валентин Ковалев расценивает возбуждение в отношении него уголовного дела как "месть" за его деятельность на посту председателя межведомственной комиссии Совета безопасности России по борьбе с преступностью и коррупцией.