Несмотря на то, что сам факт хищения средств госпредприятия был вскрыт оперативниками ДЭБ (ныне ГУЭБиПК) МВД РФ еще в октябре 2009 года, расследование уголовного дела по ч. 4 ст. 159 УК РФ (мошенничество, совершенное организованной группой лиц в особо крупном размере) длилось несколько лет.
По данным следствия, Портнов и его сообщники - бывший начальник отдела маркетинга и тендеров "Росэнергоатома" Олег Цыганов и бизнесмен Роман Глаголев - с 2004 по 2007 годы скупили 42 манипулятора немецкой компании Hans Walischmiller по цене 1,858 млн евро, а затем перепродали их государственному концерну по завышенной цене - 4,3 млн евро. Образовавшуюся разницу между ценой закупки и продажи с учетом валютного курса чиновники и предприниматель поделили и вывели на личные счета в иностранных банках.
Суд над двумя компаньонами Портнова - Тюриным и Цыгановым - прошел еще в декабре 2011 года. Сергей Тюрин получил полтора года в колонии-поселении, а Олег Цыганов был признан невменяемым и помещен в психиатрический стационар. Еще на стадии следствия экспертиза выявила у него эмоционально-лабильное расстройство, которое прогрессировало. В то же время Роман Глаголев скрылся от правосудия за границей, он объявлен в международный розыск.