Ответы Лебедева на вопросы читателей "Новой газеты" были опубликованы 22 декабря 2008 года. В публикации сообщалось, что ответы Лебедева в редакцию из СИЗО Читы передали адвокаты.
26 января администрация СИЗО объявила Лебедеву выговор. В апреле адвокаты подали жалобу. Суд посчитал, что Лебедев нарушил порядок переписки, установленный в СИЗО, и что выговор, наложенный администрацией заведения, является обоснованным.
Ране, в ноябре 2008 года Ингодинский суд Читы признал незаконным взыскание, наложенное 8 октября администрацией СИЗО Читы на экс-главу НК "ЮКОС" Михаила Ходорковского - 12-дневное пребывание в карцере за интервью журналу "Эсквайр". Суд посчитал постановление начальника СИЗО незаконным и отменил его. УФСИН опротестовало это решение, но Читинский областной суд 3 декабря 2008 года признал решение суда первой инстанции законным и обоснованным.
Напомним, Лебедев и Ходорковский в 2005 году были осуждены на восемь лет лишения свободы за мошенничество и уклонение от уплаты налогов. Ходорковский отбывал срок в Краснокаменске Читинской области (область в 2008 году вместе с Агинским округом вошла в состав Забайкальского края), Лебедев - в поселке Харп Ямало-Ненецкого автономного округа.
В 2006 году против них было возбуждено новое уголовное дело об отмывании денег. В декабре 2006 года Ходорковский и Лебедев по требованию Генпрокуратуры были этапированы из колоний в следственный изолятор Читы для проведения предварительного следствия.
Процесс по второму уголовному делу против экс-владельцев ЮКОСа начался 3 марта в Хамовническом суде Москвы. В рамках нового уголовного дела Ходорковского и Лебедева обвиняют в легализации 450 млрд рублей и 7,5 млрд долларов с 1998 по 2004 годы. Обвинения связаны с хищением акций, принадлежащих государству, а также с присвоением нефти и легализацией средств, вырученных от ее продажи.