Как сообщает РБК, Ксения Пономарева до 1989 года занималась преподавательской деятельностью, а затем стала заместителем главного редактора в ИД "Коммерсант". Она возглавляла еженедельник "Коммерсант", а позже и газету "Коммерсант-Daily" до 1992 года.
С 1995 года она работала на Общественном российском телевидении, где руководила дирекцией информационных программ. В 1997-1998 годах была генеральным директором ОРТ и руководителем "Первого канала".
Андрей Васильев, бывший заместителем Пономаревой в "Коммерсанте", в публикации на сайте газеты заявил, что она выпустила только один, первый номер газеты, а затем уволилась.
В 2000 году Пономарева работала в избирательном штабе кандидата в президенты России Владимира Путина. В 2004 году руководила избирательным штабом кандидата Ивана Рыбкина.