Черкалину вменяется вымогательство особо крупной взятки (ч. 6 ст. 290 УК), а также особо крупное мошенничество (ч.4 ст. 159 УК). Потерпевшие - бизнесмены Игорь Ткач и Сергей Гляделкин - заявили к нему гражданские иски на сумму в 19,5 млрд руб.
Дело слушается в особом порядке, без исследования доказательств: Черкалин полностью согласился с обвинением и требованиями потерпевших, заключил досудебное соглашение со следствием и дал показания на ряд своих сослуживцев, что позволило возбудить еще три уголовных дела.Он также раскрыл ранее неизвестный следствию преступный эпизод вымогательства, якобы совершенного его непосредственным начальником, заместителем начальника управления "К" Службы экономической безопасности ФСБ Дмитрием Фроловым.
Следствие установило, что Черкалин в течение примерно двух лет получил $850 тыс. от бенефициара банка "Транспортный" Александра Мазанова: у учреждения возникли проблемы по линии ЦБ, и его собственники нашли покровителя в лице Черкалина, который потребовал за свою помощь ежемесячной "абонентской платы".
Эпизод мошенничества связан с расследованием дела заместителя Юрия Лужкова, бывшего вице-мэра Москвы Александра Рябинина: бизнесмен Сергей Гляделкин заявил в ФСБ, что чиновник вымогает у него $2 млн и нежилое помещение. Офицеры ФСБ Фролов и Черкалин пригрозили превратить Гляделкина из потерпевшего в обвиняемого, если он не отдаст долю в инвестиционной компании "Юрпромконсалтинг" стоимостью в 673 млн руб. их сообщникам, банкирам Владимиру Столяренко и Александру Бондаренко. В период, к которому относятся события дела, часть бизнеса Гляделкина и Ткача отошла кипрскому офшору "Дарт Вейдер Энтерпрайзиз Лимитед".
Гособвинитель Дигаева, говоря о сведениях, которые сообщил Черкалин о своих сослуживцах, упоминала бывшего главу управления "К" Виктора Воронина. Воронин ушел в отставку в 2016 году из-за скандала, связанного с участием его подчиненных в контрабанде: он давал показания по делу обвиняемого в контрабанде миллиардера Дмитрия Михальченко, назвав себя его приятелем.
Потерпевший Игорь Ткач в прениях попросил суд "отнестить к Черкалину с максимальным снисхождением" и упомянул о "соображениях гуманности": у офицера, в частности, больные родители-пенсионеры. Адвокат Черкалина Владимир Михайлов назвал запрошенное ему наказание слишком суровым, а штраф - неподъемным, поскольку его доверитель "лишен всего". По мнению защитника, причиненный его действиями ущерб "был минимизирован" признанием вины и подробными изобличающими показаниями о его сообщниках и других преступных эпизодах. Кроме того, за время службы Черкалин "совершил много позитивных поступков", и потому заслуживает наказания ниже низшего предела.