Адвокат Ковалева Николай Иванов утверждает, что во время предварительного следствия были допущены многочисленные нарушения закона. Среди них - "неправильное соединение и разъединение уголовного дела, из которого было выделено дело в отношении Валентина Ковалева и его помощника по Фонду общественной защиты гражданских прав Андрея Максимова". Был нарушен срок предварительного следствия и срок, который дается на ознакомление участников процесса с материалами дела.
Иванов отметил, что следователь Шантин, руководитель следственной бригады по делу Ковалева и Максимова, формально не принял дело к своему производству. По мнению защитников, доказательства добыты с нарушением закона, а потому лишены юридической силы и не могут быть приняты в суде.
Валентин Ковалев обвиняется Следственным комитетом при МВД РФ в хищении вверенного ему имущества в крупных размерах, совершенном в составе организованной группы, в получении взяток, незаконном хранении огнестрельного оружия и боеприпасов.
По данным следствия, в ноябре 1994 года, будучи заместителем председателя Госдумы, Ковалев создал Фонд общественной защиты гражданских прав. Когда он стал министром юстиции, то продолжил руководить Фондом. Ковалев, как считает следствие, создал группу, которая расхищала средства Фонда. Следствием установлены не только факты хищения на общую сумму 1 млрд. 29 млн. 996 тыс. неденоминированных рублей, но также размер личной доли Ковалева - 740 млн. 614 тыс. неденоминированных рублей.