Следствие более двух лет подозревало директора подведомственного Смольному ГУП "Петербургский метрополитен" в "злоупотреблении полномочиями, повлекшем тяжкие последствия" (ч. 2. ст. 201 УК), но обвинение ему так и не предъявили.
Однако мае 2017 года Арбитражный суд Северо-Западного округа подтвердил решение нижестоящей инстанции о том, что выводы Контрольно-счетной палата (КСП) Петербурга о нарушениях на 466 млн рублей при строительстве "Адмиралтейской" необоснованны. Ранее палата вынесла предписание Петербургскому метрополитену о возмещении многомиллионного ущерба, который, по ее мнению, возник при строительстве станции. Руководство транспортного предприятия с выводами КСП не согласилось и подало иск в арбитраж Петербурга. В первой инстанции суд согласился с доводами палаты, в апелляции суд отменил это решение.
Уголовное дело возбудили в феврале 2015 года после обысков в ГУП и квартирах Гарюгина, а также в квартирах нескольких его подчиненных. Это случилось после того, как в конце 2014 года Контрольно-счетная палата обнародовала результаты проверки деятельности ГУП в 2011-2013 годах.
По версии следствия, в 2011-2012 годах бюджету Санкт-Петербурга был причинен ущерб на сумму не менее 466 млн рублей. Одной из претензий стало строительство станции "Адмиралтейская": ее вестибюль расположен на первом этаже торгово-делового комплекса, который возвел инвестор. Согласно позиции КСП, фундамент здания строили за счет бюджета (около 714 млн рублей), поэтому половину суммы инвестор должен был вернуть городу, но не сделал этого.