Совет министров занимается разработкой общей политики развития Союзного государства, внесением в парламент Союзного государства проектов союзных законов и основ законодательства.
Решение Совета министров может быть приостановлено или отменено Высшим Государственным Советом.
Совет министров формирует постоянный комитет, руководимый Государственным секретарем.
26 января 2000 года в Москве на заседании Высшего Государственного Совета первым председателем Совета министров назначен Михаил Касьянов.
25 апреля 2000 года в Москве прошло первое заседание Совета министров. На нем в основном была одобрена программа реализации договора о создании Союзного государства. На заседании также был одобрен бюджет совместного государства, который составляет 2 млрд. 230 млн. российских рублей.
30 августа на втором заседании Совета министров подписано российско-белорусское соглашение о создании унифицированного законодательства и проведении единой налоговой политики. На заседании также обсуждался вопрос введения единой валюты.
14 ноября на заседании Совета министров в Москве премьер-министры двух стран планируют подписать два соглашения о введении единой валюты.