По данным следствия, убийство Дмитрия Холодова было спланировано действующим тогда полковником, начальником разведки ВДВ Павлом Поповских. В 1994 году Поповских из карьеристских соображений решился исполнить чей-то устный приказ: прекратить публикации, порочащие отечественную армию.
Тогда Поповских сформировывает преступную группу. Офицер спецназа ВДВ сапер Александр Сорока списывает 300 кг взрывчатки якобы на проведение учений. Из них 200 г он передает своему командиру Владимиру Морозову за два дня до убийства Холодова. Тот делает взрывное устройство и помещает его в кейс.
Утром 17 октября 1994 года Владимир Морозов вместе со своим сослуживцем Константином Мерзаянцом отправляется на Казанский вокзал. Они передают кейс Константину Борковскому, которому говорят, что в чемоданчике важные документы и его нужно сдать в камеру хранения.
После того, как Борковский сдал дипломат, он передал жетон от камеры еще одному участнику группы Александру Кунцеву, который часом позже пытался отдать этот жетон самому Дмитрию Холодову.
Однако Холодов у Кунцева взять жетон отказался. Тогда Морозов и Мерзаянц едут в Сокольники в 45-й десантный полк к Павлу Поповских. После разговора с ним Мерзаянц, который лично знал Холодова, едет на встречу с ним и передает ему жетон. Через 40 минут после этого Холодов в редакции МК открывает кейс.
Из обвинительного заключения остается неясным, почему все-таки Поповских решился на убийство и кто именно отдал ему устный приказ об устранении неугодного журналиста. Если все выглядело так, как было представлено следствием, то на скамье подсудимых должен оказаться еще один обвиняемый - тот, кто отдал этот приказ.
Объяснения самого Поповских довольно невнятны: "С одним из военачальников еще в начале нашего ┘ было высказано, что каким-то образом надо прекратить ┘ поставили именно на воображении и соображении. Построили версию и начинают под нее вколачивать живых людей".