Салижан Шарипов был отобран в отряд советских космонавтов в 1990 году. Прошел полный курс подготовки к полетам на космических кораблях серии Союз ТМ и орбитальной станции "Мир" в качестве командира корабля.
Летом 1997 года прибыл в США для подготовки к полету на борту американского корабля многоразового использования системы Space Shuttle. С 23 по 31 января 1998 года совершил космический полет в качестве специалиста полета космического корабля Endeavour по программе STS-89 продолжительностью 8 дней 19 часов 46 минут 54 секунды.
В ходе полета была осуществлена стыковка с российским орбитальным комплексом "Мир". За успешное осуществление космического полета удостоен звания Герой России, а также высоких правительственных наград Киргизии, Узбекистана и Таджикистана. Являлся командиром дублирующих экипажей кораблей "Союз ТМ-29" и "Союз ТМ-30".