29 ноября 2016 года Верховный суд РФ признал законными результаты парламентских выборов, прошедших в единый день голосования 18 сентября прошлого года. Партия в иске требовала признать выборы недействительными в связи с многочисленными нарушениями. Юристы "Яблока" ссылались на то, что во время предвыборной кампании не был обеспечен равный доступ кандидатов к агитации, а многие СМИ под видом информирования избирателей агитировали в пользу "Единой России". Верховный суд отклонил иск, партия оспорила решение.
В жалобе говорилось, что суд первой инстанции необоснованно отказал в истребовании доказательств по делу, том числе реестров регистрации выдачи копий протоколов на ряде участков в Дагестане, постановлений прокурора по нарушениям в Санкт-Петербурге, видеозаписей с участков в Петербурге, Татарстане, Башкирии и других материалов.
По мнению представителей "Яблока", при рассмотрении иска Верховный суд торопился уложиться в один день, что может указывать на предвзятость и незаинтересованность в подробном рассмотрении дела. Как заявил юрист партии Алексей Сюзюмов, такая спешка не соответствовала представлениям о Верховном суде как о независимой инстанции, которая "обстоятельно рассматривает дело, тем более такого уровня".
В свою очередь, еще один юрист "Яблока", Николай Рыбаков, отметил, что два тезиса вообще не нашли отражения в отзывах ответчика - ЦИК РФ. Речь идет о нарушении правил агитации в ходе избирательной кампании и равенстве политических партий.
На заседании представитель ЦИК Дмитрий Воронин просил суд оставить решение по иску "Яблока" без изменения, так как в ходе выборов, по его словам, "не было допущено нарушений закона, которые бы не позволили определить волю избирателей и подсчитать результаты выборов". Он подчеркнул, что партия не оспаривала процентное распределение голосов по итогам голосования, а отмена выборов на отдельных участках или избирательных округах должна решаться судами по территориальному признаку.
По словам представителя ЦИК, ранее рассматривалось большое количество жалоб на нарушения на выборах, но не было обнаружено ни одного факта, который мог бы поставить итоги голосования под сомнение.
Выборы в Госдуму состоялись 18 сентября 2016 года. По их итогам "Единая Россия" получила 343 мандата, КПРФ - 42, ЛДПР - 39, "Справедливая Россия" - 23. В Думу также прошли по одному представителю "Родины", "Гражданской платформы" и самовыдвиженец. Ни одна из непарламентских партий, участвовавших в выборах, не смогла преодолеть пятипроцентный барьер по федеральному округу.
"Яблоко" заняло шестое место, набрав 1,99% голосов избирателей. В партии считают, что из-за многочисленных нарушений в ходе избирательной кампании и во время голосования выборы нельзя признать свободными и демократическими.