В телефонном разговоре Скрипников попросил о встрече с руководством Граней.Ру, а также потребовал предоставить копии регистрационных документов издания. Генеральный директор Юлия Березовская попросила прислать официальный запрос. На следующий день Скрипников сам принес этот документ в редакцию. Не застав на месте генерального директора и главного редактора, по телефону он заявил Березовской: "Встретимся в прокуратуре". По словам Скрипникова, отказываясь идти на неофициальные контакты с Центром "Э", руководители Граней.Ру "обостряют" ситуацию.
Главный редактор издания Владимир Корсунский заявил радиостанции "Эхо Москвы", что уверен: никаких материалов, которые разжигают межнациональную рознь, на сайте нет. Он даже не может предположить, какие материалы имеются в виду.
Материалы, опубликованные в Гранях.Ру, уже проходили проверку на предмет экстремизма. В 2007-2008 годах в Басманном суде слушалось дело по иску прокуратуры о признании экстремистскими статей Андрея Пионтковского, первоначально опубликованных в Гранях.Ру и изданных затем в виде сборника. Прокуратура отозвала иск после того, как назначенная судом филологическая экспертиза не обнаружила в этих текстах признаков разжигания национальной или религиозной розни. В результате дело было закрыто.
Пионтковский назвал выводы экспертизы "первым шагом к восстановлению в стране свободы слова". По его словам, "ФСБ и прокуратура, вооруженные новым законом об экстремизме, пытались провести показательный процесс, создав прецедент уголовного преследования за критику власти".
Департамент МВД по противодействию экстремизму был создан осенью 2008 года указом президента Дмитрия Медведева. Правозащитники неоднократно указывали, что это подразделение выполняет функции политического сыска. Большинство дел об экстремизме доходит до суда и заканчивается обвинительными приговорами.
По официальной статистике, в прошлом году в России было совершено 548 экстремистских преступлений.
Один из авторов сайта Лев Рубинштейн писал в своей статье, опубликованной сайтом 1 февраля:
"Всем давно уже известно, что экстремисты это те, кто требует соблюдения законов, это те, кто с неуместной в данном историческом отрезке времени настойчивостью напоминает, что Конституция страны и поведение власти не всегда пребывают в полной гармонии. А те, кто открыто призывает к нарушению или игнорированию основного закона, никакие не экстремисты. Это в какой-нибудь другой стране, одной из тех, откуда импортировано это мудреное слово, они были бы экстремистами. А здесь они лояльные граждане - опора режима".