Эстемирова была одной из первых свидетельниц, которых допросили в рамках дела Политковской, сообщает интернет-издание. Эстемирова выдвинула несколько версий убийства известной журналистки. Однако во время первого судебного процесса ее ни разу не пригласили в суд в качестве свидетеля. Оказавшиеся на скамье подсудимых люди никак не вписывались в версии Натальи.
Эстемирова была знакома с Политковской с 2001 года. Именно тогда к Политковской обратились родственники пропавшего в Чечне Зелимхана Мурдалова. Журналистка установила, что к похищению возможно причастны сотрудники Ханты-Мансийского УВД, которые дислоцировались в Октябрьском районе Грозного, и написала по этому поводу статью.
Против одного из милиционеров - Сергея Лапина - возбудили уголовное дело. А вскоре в адрес Политковской посыпались угрозы в виде звонков и писем. Журналистка написала заявление в прокуратуру, наняла охрану, а милиционера арестовали.
В последние годы Эстемирова проводила независимое расследование дела об убийстве Политковской, утверждает Life.ru. Ее данные могли бы изменить представление о мотивах убийства, допускает издание, или пролить свет на то, причастны ли к убийству сотрудники ОМОНа, которых подозревали в похищении чеченцев.
К повторному процессу планировалось привлечь большее число свидетелей, среди них могла быть и Наталья Эстемирова. Однако 15 июля сотрудницу чеченского отделения центра "Мемориал" похитили возле ее дома в Грозном. Вечером того же дня ее тело нашли в одном из районов Ингушетии.