Решение ЕСПЧ было вынесено 25 июля 2013 года и вступило в силу 25 октября того же года. По мнению судей, в приговоре по делу ЮКОСа были нарушены положения Европейской конвенции, гарантирующие защиту собственности, а также право на уважение частной и семейной жизни. В то же время в Страсбурге решили, что преследование обоих фигурантов не было политически мотивированным.
В первом приговоре Ходорковскому ЕСПЧ увидел частичное нарушение права на справедливое судебное разбирательство. Суд также согласился с жалобами Ходорковского на нарушение его прав в части защиты собственности, поскольку после вынесения приговора "его вынудили компенсировать задолженность ЮКОСа по налогам".
Помимо этого суд признал, что власти оказывали давление на адвокатов. Также судьи нашли нарушение прав человека в отправке Ходорковского и Лебедева в удаленные от проживания их семей колонии. В итоге суд распорядился выплатить Ходорковскому 10 тысяч евро в качестве компенсации. Требование Лебедева о возмещении имущественного вреда было отклонено.
Как отмечается на сайте Пресс-центра, так как Комитет министров СЕ отвечает за обеспечение выполнения решений ЕСПЧ государствами, подписавшими Европейскую конвенцию о защите прав человека, он может потребовать объяснений от РФ в связи с игнорированием ею решений суда в Страсбурге.
В своем обращении адвокаты напоминают, что ЕСПЧ в решении отметил многочисленные серьезные нарушения Конвенции. В частности, один из важнейших выводов Европейский суд сделал в отношении решения о взыскании с заявителей ущерба по гражданскому иску в размере 17,4 миллиарда рублей в связи с налогами, уплаченными структурами ЮКОСа, отмечают адвокаты. ЕСПЧ подверг этот вывод жесткой критике.
В январе 2014 года Верховный суд РФ пересмотрел решение по первому делу заявителей, однако отказался снять налоговые претензии к Ходорковскому и Лебедеву.
Как указывают адвокаты, невыполнение Верховным судом РФ решения ЕСПЧ имеет "серьезные последствия" для заявителей из-за огромного размера компенсации, присужденной за "сфальсифицированный ущерб" в рамках иска против Ходорковского и Лебедева. Вследствие этого Михаил Ходорковский не может вернуться в Россию, а Лебедеву было отказано в выдаче загранпаспорта, и поэтому он не может выехать из России. "Каждый из них, несомненно, испытывает "серьезные последствия" из-за невыполнения недвусмысленных решений Европейского суда", резюмируют защитники.