В сообщении на сайте организации подчеркивается, что доктор физико-математических и политических наук сам подал заявление об уходе с должности. Попечительский совет центра во главе с его научным руководителем, президентом ОАО РЖД Владимиром Якуниным удовлетворил его просьбу.
Исполняющим обязанности главы уже назначен доктор химических наук, эксперт центра Сергей Кара-Мурза. Сулакшину же предложили занять только что созданную должность научного консультанта организации.
Скандал с докладом Центра проблемного анализа разразился в середине марта. В исследовании утверждалось, что на выборах 2011 года победили коммунисты, а не единороссы, как следует из официальных данных. Авторы доклада поясняли, что пришли к такому выводу при помощи математически-статистического метода.
Материалы, согласно которым ЕР заняла лишь второе место, получив 20-25%, а коммунисты стали первыми с 25-30%, единороссы назвали "домыслами". Глава РЖД прокомментировал доклад только спустя два дня после его обнародования - он объявил неприемлемыми как само содержание документа, так и его публикацию от имени центра.
Владимир Якунин отмечал, что работа была выполнена доктором Сулакшиным самостоятельно в 2012 году, а после доклада научному руководителю Центра (то есть самому Якунину) было принято решение об отсутствии "абсолютной научной достоверности" использованной модели и сделанных в работе выводов. По словам главы РЖД, было решено, что работу нельзя публиковать от имени Центра, однако Сулакшин указание не выполнил.
Сам Степан Сулакшин объяснил газете "Коммерсант", что ушел с руководящей позиции добровольно. Он подтвердил, что его решение связано с публикацией доклада, который "вызвал массу политических инсинуаций, затруднивших работу центра". "Именно поэтому я и подал заявление об отставке", - подчеркнул он.
После выборов в декабре 2011 года представители оппозиции заявили о многочисленных фальсификациях в пользу "Единой России", что привело к целой волне протестных выступлений. Однако Центризбирком признал итоги выборов.