Худояну предъявлено обвинение в особо крупном мошенничестве (ч.4 ст.159 УК РФ). По версии следствия, бизнесмен "совместно с соучастниками незаконно приобрели право долгосрочной аренды земельных участков путем обмана и злоупотребления доверием собственников и руководителей одной из компаний". Сумму ущерба по уголовному делу следствие оценивает более чем в 2 млрд рублей.
Защита Худояна настаивает на том, что уголовное дело стало инструментом его принуждения "к разрешению хозяйственного спора на невыгодных условиях", в связи с чем обратилась в комиссию по этике Российского союза промышленников и предпринимателей (РСПП) с просьбой разобраться в ситуации. В поддержку бизнесмена высказывался уполномоченный при президенте РФ по защите прав предпринимателей Борис Титов, по мнению которого ситуация с Худояном - явный пример конфликта в сфере предпринимательства. Сам бизнесмен заявляет, что уголовное преследование связано с рейдерским захватом компании ООО "Оптима Девелопмент", собственником которой он является.