Cмерть настигла ученого в результате скоротечной двусторонней пневмонии. Пока не известно, когда состоятся гражданская панихида и похороны выдающегося физика. Похоронен он будет на Новодевичьем кладбище в Москве.
Александр Прохоров являлся лауреатом Ленинской премии за разработку нового метода генерации и усиления электромагнитных волн, Государственной премии СССР за работы по радиоспектроскопии, премии Совета Министров СССР, премии имени Мандельштама за работы по физике колебаний. В 1982 году он возглавил Институт общей физики РАН.
Начиная с 50-х годов под руководством Прохорова выполнялся широкий спектр работ, из которых в дальнейшем складываются целые научные направления квантовой электроники и других областей современной физики. В последнее время в круг его научных интересов входили физика поверхности, микроэлектроника, высокотемпературная сверхпроводимость, физика применения микроволн.