Моисеев был задержан в ночь на 4 июля 1998 года по обвинению в шпионаже в пользу Республики Корея, а 16 декабря 1999 года признан Московским городским судом виновным в совершении государственной измены и приговорен к 12 годам лишения свободы с конфискацией имущества.
25 июля 2000 года Судебная коллегия по уголовным делам Верховного суда РФ отменила этот приговор и направила дело на новое рассмотрение в Мосгорсуд в ином составе судей.
В результате повторного разбирательства в этой инстанции 14 августа 2001 года виновность Моисеева была подтверждена, однако на этот раз он был приговорен к 4,5 года лишения свободы. Адвокаты бывшего дипломата подали кассационные жалобы на этот приговор, которые будет рассмотрены в Верховном суде 9 января.