Первая экспертиза текста Прокопьевой была назначена Роскомнадзором 19 ноября 2018 года, через 12 дней после ее выступления на радиостанции. Ссылаясь на выводы этой экспертизы, Роскомнадзор вынес предупреждения "Эху Москвы в Пскове" и "Псковской ленте новостей", которая разместила текст радиокомментария Прокопьевой. Экспертизу по заказу Роскомнадзора проводили эксперты ФГУП "Главный радиочастотный центр" Александр Сорговицкий и Анастасия Гершликович.
По мнению авторов экспертизы, Прокопьева заявляет о целесообразности действий террориста в современных условиях политической жизни России, указывает на несоблюдение властями "законных прав и свобод граждан", связывает "причину террористического акта с действиями правоохранительных органов", а также сравнивает взорвавшего себя 17-летнего подростка с народовольцами. "Террористический акт [в тексте] рассматривается как единственное возможное решение для привлечения внимания к проблемам в современной России", - говорится в документе, авторы которого констатируют "направленность текста на формирование положительного отношения к терроризму".
Следующую экспертизу в декабре 2018 года назначил заместитель начальника следственного отдела СК по Пскову Сергей Мартынов в рамках доследственной проверки по факту публикации Прокопьевой. Исследование проводили психолог Виктор Кисляков и лингвист Алексей Рыженко из "Южного экспертного центра". По мнению Кислякова, журналистка связывает теракт в Архангельске с политической ситуацией в стране, государственным устройством "путинской" России и борьбой политических активистов за гражданские права.
В контексте этого политического конфликта действия архангельского террориста рассматриваются автором как закономерное следствие "репрессивной" политики действующей власти и как протест против пыток и фабрикации уголовных дел, а действия подростка описаны с точки зрения сторонников оппозиции, критически настроенных к действующей власти". Кисляков обвинил журналистку в том, что она занимается "навязыванием понятий", обозначая "террориста и теракт понятиями, которые должны вызвать нейтральные или позитивные ассоциации у политически активных граждан, критически настроенных по отношению к власти". При этом действия пострадавшей от теракта стороны критикуются, а вместо осуждения деструктивных действий архангельского террориста внимание акцентируют на его идеалистических мотивах.
Еще одна экспертиза была назначена СКР в марте 2019 года, уже в рамках расследования уголовного дела. Ее проводили лингвист Наталья Пикалева и психолог Анастасия Лаптева из Северо-Западного регионального центра судебной экспертизы Минюста. В тексте этого заключения также сказано, что совершенный теракт не вызывает у автора негативного отношения, а сама Прокопьева создает в тексте "противостояние и конфликт между группами "народ Российской Федерации" и "государство", отождествляя себя с первой из этих групп, тогда как вторая "оценивается негативно, осуществляет "агрессивные" действия против своего народа, соответственно, заслуживает определенного отношения и действий". По мнению Пикалевой, на фоне негативной оценки властей "нейтральные" обороты, описывающие подростка и его самоподрыв, "приобретают положительный оттенок".
В свою очередь, адвокат Прокопьевой из Центра защиты прав СМИ Тумас Мисакян заявил, что комиссия Гильдии лингвистов-экспертов (ГЛЭДИС) не нашла в тексте журналистки лингвистических признаков оправдания терроризма. По его словам, выводы экспертов со стороны обвинения основаны на ничем не подтвержденных предположениях и домыслах и могут быть истолкованы по-разному, в том числе и в пользу журналиста: защита намерена представить обвинению альтернативную экспертизу. Сама Прокопьева заявила, что эксперты "просто пишут то, что от них хочет услышать следствие", а в законодательстве есть очень четкие критерии оправдания терроризма - "признание идеологии и практики терроризма правильными и достойными подражания". "Ничего этого нет в моем тексте", - сказала Прокопьева.
Уголовное дело против Светланы Прокопьевой было возбуждено в феврале из-за авторской программы "Репрессии для государства" на "Эхе Москвы в Пскове". В эфире журналистка проанализировала теракт в архангельском управлении ФСБ и высказала свое мнение о действиях террориста, что было расценено как оправдание терроризма. При обыске из ее квартиры изъяли ноутбук и телефон. Во время обыска дом журналистки оцепили вооруженные люди с автоматами и щитами, в белых маскхалатах. Из-за внесения в список экстремистов и террористов ее банковские счета заблокированы.
Радиостанцию "Эхо Москвы в Пскове" за передачу с Прокопьевой оштрафовали на 150 тысяч рублей по статье о злоупотреблении свободой массовой информации. Издание "Псковская лента новостей" за публикацию текста журналистки получило штраф в 200 тысяч рублей.
"Я не признаю вину и считаю свое уголовное дело банальной местью обиженных силовиков. В том тексте я возложила на них самих ответственность за архангельский взрыв. Я написала о том, что репрессивное государство дождалось ответной реакции. Что жестокая правоохранительная политика ожесточает граждан. Что заблокированные законные пути выталкивают энергию протеста вот в такое, общественно опасное, русло. Я по-прежнему так думаю", - написала Прокопьева в открытом письме, текст которого в знак солидарности опубликовали многие издания. В защиту журналистки также выступили представители Совета по правам человека и Союза журналистов России.