Согласно распоряжению от 6 июня, Федюкин освобожден от должности с формулировкой "по его просьбе".
Федюкин, боровшийся с "липовыми" диссертациями, объявил о намерении уйти из Минобрнауки 28 мая. Свое решение он объяснил желанием "снизить напряжение, сложившееся вокруг министерства и его решений". Сообщение об уходе чиновника поступило спустя несколько часов после того, как он опроверг прошлое сообщение о своей отставке - в нем дело пытались представить так, будто замминистра выгнали из ведомства.
Глава Минобрнауки РФ Дмитрий Ливанов после признания Федюкина в желании уволиться пригрозил, что поступит точно так же, если у него не будет условий и атмосферы для эффективной работы в министерстве. Также он похвалил работу своего заместителя и пожалел, что теряет такого порядочного человека.
Будучи на посту замминистра, Федюкин был намерен яростно сражаться с плагиаторами. В феврале он пообещал взять под "пристальное внимание" вузовские диссертационные советы, которые чаще других присуждают научные степени. Минобрнауки опубликовало тогда список таких диссертационных советов, некоторые из них присуждали по одной ученой степени в неделю. "Очевидно, что целый ряд из этих диссоветов будет находиться под пристальным вниманием, - заявил Федюкин. - Сейчас мы бы хотели услышать их объяснения в сложившейся ситуации".
Самого Федюкина лидер ЛДПР Владимир Жириновский в апреле обвинил в подделке диплома и подлоге документов. Однако на защиту замминистра встали практически все - от его бывших однокурсников до профессоров Российского государственного гуманитарного университета.