По данным фонда, суд отклонил жалобу адвоката Натальи Магнитской, который настаивал на возобновлении следствия, чтобы "допросить важных свидетелей, приобщить скрываемые до сих пор улики, а также разрешить семье Магнитского провести независимое медицинское исследование архива органов и тканей".
Сергей Магнитский, которого правоохранительные органы обвиняли в пособничестве уклонению от уплаты налогов, скончался в столичном СИЗО "Матросская тишина" 16 ноября 2009 года после почти годового пребывания за решеткой. Причиной смерти бывшего сотрудника Firestone Duncan, сотрудничавшего с Hermitage Capital Management, была названа острая сердечно-сосудистая недостаточность. Адвокаты погибшего заявили, что их клиент неоднократно жаловался на здоровье и просил провести ему медицинское обследование.
Смерть юриста вызвала мощный общественный резонанс как в РФ, так и за рубежом. По мнению некоторых правозащитников и представителей фонда, в изоляторе аудитору не оказывалась медицинская помощь, а умереть он мог в результате избиения. Выдвигалась версия, что Магнитский был арестован, так как пытался разоблачить коррупцию и хищения 5,4 млрд рублей из бюджета сотрудниками силовых структур. Следствие, однако, не нашло подтверждения этого предположения.
Соединенные Штаты в декабре 2012 года приняли так называемый "акт Магнитского", составив черный список россиян, причастных, по мнению американских властей, к нарушениям прав человека в РФ. Российские власти призывали не политизировать "дело Магнитского".
Уголовное преследование Сергея Магнитского было прекращено следственным департаментом МВД в связи со смертью обвиняемого. В августе 2011 года Генпрокуратура РФ отменила постановление о прекращении уголовного дела против Магнитского в связи с решением Конституционного суда от 14 июля 2011 года. Согласно прецедентному решению, следствие и суды больше не могут прекращать уголовные дела в связи со смертью подозреваемых и обвиняемых без согласия их родственников.
Дело о смерти Магнитского было прекращено в мае 2013 года "за отсутствием события преступления". В сообщении ведомства говорилось, что мера пресечения в виде заключения под стражу в отношении юриста избиралась в соответствии с нормами закона и при наличии достаточных на то оснований.
В СКР пришли к выводу, что в московских изоляторах, где находился Сергей Магнитский, для него не создавалось никаких специальных условий содержания под стражей, а также не оказывалось какого-либо давления, не применялось физическое насилие либо пытки.
При расследовании подтвердилось первоначальное заключение судебно-медицинской экспертизы, что смерть Магнитского наступила от острой сердечной недостаточности и последовавших отека мозга и легких в результате осложнения двух заболеваний - кардиомиопатии на фоне сахарного диабета и хронического активного гепатита.
Как позже пояснили в СКР, в смерти Магнитского есть вина врача-лаборанта изолятора "Бутырка" Ларисы Литвиновой, но срок давности наказания истек. В рамках расследования смерти Магнитского Литвинову обвиняли в причинении смерти по неосторожности, но ее уголовное преследование прекратили с ее согласия в апреле 2012 года за истечением срока давности.
Мать Магнитского обжаловала решение СКР о закрытии дела, и с тех пор уже четыре раза просила о возобновлении расследования причин гибели ее сына. Всякий раз в ведомстве женщине в этом отказывали.