Поводом для судебного разбирательства стало постановление Онищенко "Об усилении госсанэпиднадзора за пивоваренной продукцией", направленное на усиление санитарного контроля за выпуском пива. В постановлении содержался пункт, обязывающий местные санитарные органы в течение первых двух кварталов 2001 года провести анализ всей технической документации в области производства пива. Кроме того, главврач призвал Министерство по антимонопольной политике РФ рассмотреть вопрос о рекламе пива в СМИ, которая, по его мнению, носила "агрессивный и неумеренный характер".
Геннадий Онищенко утверждал, что под воздействием рекламы "пиво пьют даже беременные женщины", способствуя таким образом "формированию пивного алкоголика". Исправить ситуацию, по мнению Онищенко, мог бы пересмотр существующего законодательства, результатом которого пиво крепостью более 1,2% должно быть отнесено к алкогольным напиткам. В таком случае реклама автоматически исчезнет с телеэкранов, а пивовары вынуждены будут решать проблемы, характерные для производителей вина или водки.
Пивовары назвали постановление главного санитарного врача вмешательством в дела отрасли и заявили, что намерены опротестовать документ. Пивоваренная компания "Балтика" распространила заявление с требованием отставки Онищенко за проведение "антигосударственной, антинародной и возмутительной политики против пивоваренной отрасли". В марте 2001 года министр здравоохранения РФ Юрий Шевченко заявил, что постановление главного санитарного врача России будет отменено.
15 марта 2001 года Геннадий Онищенко действительно отменил свое постановление от 15 декабря 2000 года. Однако пивовары не успокоились. Компания "Балтика" обратилась в арбитражный суд с просьбой взыскать с Онищенко две тысячи рублей в качестве символического возмещения морального ущерба, а также обязать главного санитарного врача опровергнуть сведения, порочащие деловую репутацию производителей пива.