Согласно медицинским данным, в настоящее время Алексанян не может участвовать в судебных заседаниях и следственных действиях, так как нахождение в общественных местах представляет угрозу его жизни. Его адвокаты также предоставили в суд медицинские документы, свидетельствующие, что состояние здоровья их подзащитного не позволяет ему принимать участие в судебном разбирательстве.
Однако на заседании 2 февраля прокурор Николай Власов заявил, что у гособвинения имеются сведения, противоречащие этим данным. Он сказал, что предоставит эти сведения суду 5 февраля. На основании всех полученных данных суд примет решение, будет ли возобновлено рассмотрение дела Алексаняна по существу, передает ИТАР-ТАСС.
8 декабря 2008 года Мосгорсуд изменил Алексаняну меру пресечения на залог в размере 50 млн рублей. После внесения залога он был освобожден из-под стражи и затем выписан из больницы. В суд поступили сведения, что его здоровье улучшилось и он может участвовать в заседаниях.
Приостановленный в феврале 2008 года судебный процесс был возобновлен, однако адвокаты Алексаняна представили в суд медицинские справки о неудовлетворительном состоянии его здоровья, препятствующем его участию в судебных слушаниях.
Генпрокуратура обвиняет бывшего вице-президента ЮКОСа в отмывании и легализации денежных средств и присвоении имущества. В частности, он обвиняется в хищении акций и имущества "Томскнефти" на сумму более 12 млрд рублей, а также в отмывании денежных средств в результате хищения акций, которые потом были легализованы. Сам Алексанян своей вины не признает. В июле 2006 года Генпрокуратура РФ предъявила ему новое обвинение в уклонении от уплаты налогов.
В феврале 2008 года Симоновский суд приостановил судебный процесс в отношении него из-за состояния здоровья - консилиум врачей Боткинской больницы официально подтвердил наличие у подсудимого рака лимфатической системы. После решения суда, Алексанян был переведен из инфекционного отделения СИЗО "Матросская тишина" в 60-ю больницу на востоке Москвы.
В конце декабря, Европейский суд по правам человека признал действия российских властей по отношению к Василию Алексаняну незаконными и потребовал немедленно освободить его из-под ареста.