5 октября 2017 года в рамках уголовного дела о мошенничестве суд заключил Ампелонского, Едидина и Весельчакова под домашний арест. По делу также проходили гендиректор ФГУП "Главный радиочастотный центр" Анастасия Звягинцева (ей СК инкриминировал растрату в особо крупном размере) и еще 15 человек. Ампелонскому в окончательной редакции вменялись два эпизода растраты на сумму около 6 млн рублей, а Весельчакову - на сумму 10 млн рублей. Кроме того, 10 сентября Басманный суд Москвы санкционировал заочный арест еще одной фигурантки дела о растрате Оксаны Чернышенко, которая была объявлена в розыск.
Впоследствии СК РФ переквалифицировал фигурантам дела обвинение с мошенничества (ст. 159 УК РФ) на растрату (ст. 160 УК РФ). Сделку со следствием никто из обвиняемых не заключал, вину они не признали. В материалах дела речь шла о растрате путем фиктивного оформления людей на работу и оплаты их труда: по мнению следствия, Ампелонский пользовался банковской карточкой, на которую переводились эти деньги. Карта была оформлена на подставное лицо, но при обыске ее не нашли.
В конце сентября в связи с завершением предварительного следствия по делу мера пресечения всем фигурантам была изменена на подписку о невыезде, а Ампелонский вернулся на работу в ведомство. Позднее следствие вернулось на стадию допросов, после чего было принято решение о закрытии уголовного дела.