По итогам предвыборных опросов выяснилось, что провластные кандидаты не имеют достаточной поддержки как минимум в девяти из 45 избирательных округов Москвы, включая весь центр города. По данным "Проекта", даже стартовые рейтинги главы Красносельского муниципального округа Ильи Яшина и юриста Фонда борьбы с коррупцией (ФБК) Любови Соболь, которые хотели избираться в Мосгордуму от Центрального административного округа, позволяли им при удачной избирательной кампании рассчитывать на победу. Это касалось и тех округов, где провластным кандидатам не противостояли "звезды" оппозиции вроде Яшина и Гудкова. В этой ситуации не помогли даже предложения властей поддержать кандидатов помимо членов партии "Единая Россия".
Проблемными для власти оказались 43-й округ (Арбат, Хамовники, Пресненский), от которого выдвигалась Соболь, 44-й (Замоскворечье, Таганский, Тверской, Якиманка), 45-й (Басманный, Красносельский, Мещанский, Сокольники), где провластному кандидату Валерии Касамаре должен был противостоять Яшин; 5-й округ (Филевский парк, Хорошево-Мневники, часть Щукино), от которого баллотировался Дмитрий Гудков; 6-й округ (Головинский, Левобережный, Ховрино, часть Западного Дегунино), 8-й (Аэропорт, Сокол, Войковский), незарегистрированный кандидат от оппозиции - директор ФБК Иван Жданов; 9-й (Беговой, Савеловский, Тимирязевский, Хорошевский, часть Бескудниковского), Юлия Галямина; 23-й (Кузьминки, часть Люблино, часть Рязанского); 37-й (Академический, Гагаринский, Ломоносовский, часть Проспекта Вернадского), Елена Русакова.
Как пишет "Проект", именно данные соцопросов, легшие на стол мэру Москвы Сергею Собянину и руководству администрации президента, окончательно уверили власть, что несистемную оппозицию нельзя допускать к выборам. За несколько лет со времен участия Алексея Навального в выборах мэра Москвы представления мэрии об оппозиционных кандидатах изменились. Если раньше считалось, что, голосуя за них, общество просто "выпускает пар", то теперь власти стали опасаться, что, пройдя в Мосгордуму, они могут стать серьезными политиками и будут претендовать уже на места в Госдуме.
О том, что недопуск оппозиционеров выльется в массовые акции протеста, никто не думал. По словам одного из источников издания, изначально власти не хотели отказывать в регистрации сразу всем кандидатам от оппозиции, сделав исключение для наименее "опасных" ее представителей вроде Сергея Митрохина, и договорившись с некоторыми оппозиционерами о сотрудничестве.
Планировалось, например, что Яшина убедят добровольно отказаться от участия в выборах, но чиновники не смогли придумать, что ему предложить. А при проверке подписей выяснилось, что качество подписных листов Соболь и Яшина намного лучше, чем у тех, кого мэрия была готова допустить до выборов, включая Митрохина. После этого решено было не регистрировать никого из независимых кандидатов, а среди их подписей внезапно обнаружились "мертвые души".
После того, как откровенная "ликвидация" оппозиционных кандидатов вызвала возмущение в Москве и вылилась, в частности, в акцию 27 июля, сотрудники Кремля начали обзванивать депутатов Госдумы, предлагая им выступить с заявлениями, которые должны напугать участников уличных протестов. Однако многие депутаты на подобное не пошли. Именно попытками запугать участников массовых протестов объясняется инициатива повышения штрафов за несанкционированные митинги и задержания участников протестов на 72 часа.
Куда более действенным инструментом запугивания оказались аресты: список тех, кого следует арестовать, был составлен после просмотра прямого эфира телеканала "Дождь" и съемок оперативников, и менялся в зависимости от политической ситуации. После скандала с режиссером Дмитрием Васильевым, который оказался в камере без необходимого ему как диабетику инсулина, чиновники попросили силовиков прекратить его преследование. А после того, как митинги стали менее массовыми, и по мере приближения дня голосования четырех фигурантов дела о "массовых беспорядках" отпустили, а еще двоих, включая студента ВШЭ Егора Жукова, перевели под домашний арест. В то же время двух фигурантов дела Ивана Подкопаева и Данилу Беглеца осудили на реальные сроки, тому же Жукову предъявили новое обвинение в призывах к экстремизму через интернет. Многие лидеры протеста, включая Навального, Яшина и Гудкова, отбыли длительный административный арест.
В пику протестующим в мэрии думали организовать "патриотический митинг", Собянину предлагали выступить на нем, но, по словам источника "Проекта", тот категорически отказался это делать, как и фотографироваться с кандидатами в Мосгордуму. Несмотря на отсечение от выборов всех видных оппозиционеров, мэрия по-прежнему не уверена, что поддержанные ею кандидаты победят. Закрытые опросы показывают, что провластные кандидаты могут проиграть малоизвестным людям, которых в рамках проекта "Умное голосование" поддерживает команда Навального. Так, немногие допущенные к выборам представители оппозиции могут победить в 6-м округе (детский омбудсмен Евгений Бунимович), 8-м, где кандидатом от власти (хотя сам он это отрицает) "Проект" называет Вадима Кумина от КПРФ, а оппозицию представляет Дарья Беседина; 37-м и 43-м округах.