Чистосердечное признание в организации убийства Поповских написал в феврале 1998 года на имя тогдашнего генпрокурора Юрия Скуратова. В нем бывший начальник разведки ВДВ утверждал, что в декабре 1993 года он и его заместитель Кравчук были приглашены к министру обороны Павлу Грачеву, который "поставил задачу" "разобраться с Холодовым".
Как писал Поповских, он и Кравчук договорились игнорировать это указание, однако позднее на него начали оказывать давление командующий ВДВ Подколзин и заместитель командующего Зуев. При этом, по утверждению Поповских, генералы давали понять, что речь идет "о физическом устранении Холодова". Судя по чистосердечному признанию подсудимого, он не раз пытался отказаться от участия в убийстве Холодова. Однако давление со стороны вышестоящего начальства не прекращалось. В частности, от генерала Зуева Павел Поповских узнал, что Грачев грозится разогнать 45-й полк ВДВ, если "мы не займемся Холодовым".
В результате, как написал Поповских в чистосердечном признании, он решил "переиграть Грачева" и попросил командира спецотряда ВДВ Владимира Морозова "поколотить Холодова". Он надеялся, что пресса поднимет по этому поводу шум, что, возможно, изменит планы Грачева. При этом, как подчеркнул Поповских, давая указания Морозову, он пояснил, что "убивать Холодова не надо". В связи с этим известие о взрыве в редакции "Московский комсомолец" и гибели Дмитрия Холодова стало для него "полной неожиданностью".
Сегодня в Московском окружном суде Павел Поповских категорически опроверг ранее данные им показания, заявив, что они были даны под давлением следствия и "в болезненном состоянии". По словам Поповских, он был вынужден пойти на сделку со следствием в обмен на операцию. Поповских сказал, что только после чистосердечного признания ему разрешили свидание с родными, и был направлен запрос о состоянии его здоровья, после чего офицер был помещен в госпиталь.
По словам Поповских, многие факты, которые он изложил на предварительном следствии и в своем чистосердечном признании, не были подтверждены ходом расследования.