По данным защиты, к примеру, в стенограмму не попали признания судьи Виктора Данилкина о том, что он не знает английский язык, что, по мнению адвокатов, свидетельствует о его "неспособности самостоятельно исследовать и оценивать оригиналы доказательств". Протокол не зафиксировал также эмоциональную перепалку между прокурором Гульчехрой Ибрагимовой и свидетелем обвинения, бывшим топ-менеджером ЮКОСа Алексеем Голубовичем, которая свидетельствует "о запугивании государственным обвинением свидетеля Голубовича".
Составитель протоколов - секретарь Данилкина - просто не включила туда произошедший в суде 19 января 2010 года на глазах публики и журналистов инцидент, отмечает "Новая газета". Голубович тогда сначала фактически опроверг свои показания, данные на предварительном следствии: о хищениях, совершенных руководством ЮКОСа, и об угрозах в свой адрес со стороны службы безопасности нефтяной компании. Однако после того как гособвинители позволили себе в адрес свидетеля несколько жестких фраз-угроз, Голубович на следующем заседании изменил свои показания - на этот раз в нужную прокурорам сторону.
"Следователь Шумилов звонил моему юристу, говорил: "А где Голубович? Почему он не является на допрос? Пусть он лучше явится, а то мы его арестуем". Вот такие идиотские разговоры по телефону в принципе возникают, когда дело заказное и кто-то хочет на человека надавить", - говорил в суде Голубович. "Такого понятия нет - "заказное дело", - заметил прокурор Лахтин, на что Голубович и подсудимые засмеялись. И вот в протокол не попала следующая реакция прокурора Ибрагимовой: "Алексей Дмитриевич, а нам не смешно! Не смешно! Вы соскучились по Ходорковскому? Соскучились?! Как вам задают вопрос, так вы сразу ему улыбаетесь, ему и Лебедеву".
Не оказалось в протоколе и ответа на это самого Голубовича - "...выяснилось, что соскучился по Ходорковскому. <...> мне уже намекают", - и реакции на происшедшее (когда Голубович пришел в суд повторно и изменил показания в пользу прокуратуры) судьи Данилкина - "Запугали вас тут, запугали".
Стенография упустила и несколько реплик из показаний бывшего министра экономического развития и торговли Германа Грефа, имеющих "принципиальное значение", поскольку экс-министр торговли говорил о разнице в ценах на нефть на внутреннем и внешнем рынках.
21 июня 2010 года, выступая на суде, Греф заявил о "невозможности" продажи нефтяными компаниями нефти на внутреннем рынке по ценам голландского порта Роттердама (следствие считает, что ЮКОС должен был рассчитываться со своими "дочками" по этим ценам в этом европейском порту, а вовсе не по ценам российского внутреннего рынка).
Греф: "Михаил Борисович, я уже сказал, если бы "Роснефть" (ее Греф привел в качестве примера) покупала по ценам выше, чем в Роттердаме, то она была бы банкротом сразу". Лебедев: "По таким же?" Ходорковский: "По таким же?" Греф: "А <...> таким же? Ну <...> невозможно".
Вот это выраженное Грефом понимание уточняющего вопроса и пропущено.
В протоколы не попал момент, когда этот прокурор при оглашении им документов предприятий группы ЮКОС обнаружил на документе подписи Карла Маркса. 23 октября 2009 года Лахтин зачитал: "...также отражены реквизиты учредителей общества. Имеются соответствующие подписи Алексеева и Карла Маркса. Все, Ваша честь" (это обстоятельство позднее являлось одним из доводов Лебедева о невменяемости Лахтина). Вместо этого - в протоколе просто фраза: "Лахтин оглашает том 34 л. д. 248-249 - копию учредительного договора о создании общества с ограниченной ответственностью "Митра".
Судья Конституционного суда в отставке Тамара Морщакова пояснила, что решение согласиться с претензиями осужденного остается на усмотрение судьи - эта процедура прописана в Уголовно-процессуальном кодексе.