Многие правозащитники и наблюдатели считали Муртазалиеву политической заключенной. На суде по делу Зары Муртазалиевой свидетели отказываись от своих показаний против нее. Ее имя неоднократно попадало в списки осужденных по политическим мотивам. В частности - в переданный организаторами митинга "За честные выборы" главе президентского Совета по правам человека Михаилу Федотову.
Муртазалиеву, которая работала в Москве страховым агентом, задержали 4 марта 2004 года. По версии следствия, при задержании у нее был обнаружен пластид, с помощью которого она собиралась взорвать торговый комплекс "Охотный ряд". В 2004 году женщине предъявили обвинение по целому ряду статей УК РФ: ст.30 ч.1 (приготовление к преступлению и покушение на преступление), ст.205 ч.1 (терроризм), ст.222 ч.1 (незаконное приобретение, и хранение и перевозка взрывчатых веществ).
17 января 2005 года Мосгорсудом Зара Муртазалиева была признана виновной в подготовке серии терактов на территории Москвы и вовлечении лиц в его совершение и приговорена к девяти годам лишения свободы. Позже Верховный суд РФ снизил ей срок наказания на полгода. В октябре 2008 года Зубово-Полянский райсуд отказал девушке в условно-досрочном освобождении (УДО), ссылаясь на то, что она не признала свою вину.