По официальным данным, глава разведслужбы скончался 3 января 2016 года в Подмосковье от острой сердечной недостаточности. Позже американская разведывательно-аналитическая компания Stratfor со ссылкой на собственные источники сообщила, что глава ГРУ умер якобы 1 января, когда находился в Ливане. В Кремле эту информацию опровергли, однако пресса не перестала считать кончину Сергуна загадочной, особенно на фоне сообщений о борьбе ГРУ и ФСБ за влияние.
В четверг тему о смерти Сергуна подняла ливанская газета "Аль-Ахбар", которая написала со ссылкой на собственные источники, что главу ГРУ могли убить спецслужбы арабских или ближневосточных стран во время выполнения им тайной миссии в Бейруте.
Как сообщает NEWSru Israel со ссылкой на сайт OrientalExpress, в публикации содержится намек на возможную причастность турецких спецслужб к смерти Сергуна. Отмечается, что именно после загадочной кончины главы ГРУ конфронтация между Россией и Турцией, постепенно нараставшая после ноябрьского инцидента со сбитым в Сирии турецкими ВВС российским бомбардировщиком Су-24, стала окончательной и бесповоротной.
О еще одной секретной миссии Сергуна, которая якобы имела место, западные СМИ написали через несколько недель после его смерти. Тогда сообщалось, что Кремль незадолго до кончины начальника ГРУ направил его в Дамаск к президенту Сирии Башару Асаду с предложением уйти в отставку. По версии прессы, таким образом Путин пытался склонить Асада к самостоятельному сложению полномочий, как того требует Запад. Как писала газета Financial Times со ссылкой на представителей западной разведки, Асад "с гневом" отверг эту просьбу.
Впрочем, информацию о тайном визите Сергуна сразу же опроверг как пресс-секретарь президента РФ Дмитрий Песков, так и министр иностранных дел РФ Сергей Лавров, который заявил: "Я читал спекуляции, которые распространялись со ссылкой на покойного Игоря Сергуна, якобы он специально ездил Дамаск и там предлагал президенту Асаду уйти. Это неправда. Разговор с президентом Асадом такого рода не был необходим". По поводу последних заявлений о возможном убийстве спецслужбами Игоря Сергуна представители властей РФ пока не высказались.