Это дело было впервые возбуждено в 2004 году, когда Шайхутдинова заподозрили в преднамеренном банкротстве Главного агентства воздушных сообщений гражданской авиации (ГАВС). Это госпредприятие владело доставшемися по наследству от советского "Аэрофлота" 6 500 касс в России и еще в 30 странах мира. Шайхутдинов возглавлял его с 1998 по 2003 год, когда его обанкротили. Ущерб, по данным газеты "Известия", неофициально оценивался в сумму свыше 900 млн рублей.
К моменту возбуждения уголовного дела Шайхутдинов избрался в Госдуму от ЛДПР и получил депутатскую неприкосновенность, для снятия которой требуется решение Госдумы. С 2007 года прокуратура обращалась в Госдуму с просьбой лишить его депутатской неприкосновенности, но это обращение так и не было рассмотрено, сетовал в 2009 году председатель Следственного комитета Александр Бастрыкин.
В 2011 году главное управление Следственного комитета по Москве прекратило уголовное дело о банкротстве в связи с истечением сроков давности, но решение было отменено на основании распоряжения "руководителя следственного органа".
Добился возобновления дела против Шайхутдинова Олег Митволь, который баллотировался в Госдуму и во время теледебатов с Шайхутдиновым обещал его засудить. О возбуждении дела говорится в ответе прокуратуры на обращение Митволя.
"Дело было прекращено по истечению срока давности незаконно, - объяснил Митволь телеканалу. - Ведь в 2011 году, когда следователь принял такое решение, прошло всего восемь лет с момента банкротства, а срок давности по таким преступлениям составляет 10 лет. Чувствую, что не обошлось без коррупционной составляющей".
В 2011 году Шайхутдинов начал сотрудничать с партией Михаила Прохорова "Правое дело", после чего лидер ЛДПР Владимир Жириновский неожиданно поддержал претензии к Шайхутдинову. Поскольку Шайхутдинов не попал в Госдуму, Жириновский в сентябре 2011 года заявлял "Известиям", что того и так арестуют как только закончатся полномочия нижней палаты пятого созыва: "Мы хотели лишить его депутатской неприкосновенности прямо сейчас, и Госдума сразу проголосовала бы за это. Но решили, что иммунитета он лишится через два месяца и будет арестован, - сказал тогда Жириновский. - Пусть его теперь прикрывает Михаил Прохоров".
Однако в декабре, когда закончились полномочия депутата и иммунитет Шайхутдинова, СК прекратил уголовное дело. Не попав в Госдуму бывший депутат возглавил созданную бизнесменом Михаилом Прохоровым партию "Гражданская платформа", которая поддерживала кремлевскую политику, в том числе признавала присоединение Крыма к России и обвиняла в экстремизме кандидатов в депутаты от оппозиционной партии ПАРНАС, хотя позже отозвала свой иск.
В 2016 году Шайхутдинов вновь избрался в Госдуму, став одним из двух депутатов-одномандатников, представляющих в парламенте малые партии. "Единая Россия" не выдвигала против него своего кандидата в одномандатном округе. В партии это объясняли неформальной сделкой с системной оппозицией и желанием увеличить ее представительство в нижней палате. "У Шайхутдинова есть влиятельные покровители во власти, но в последнее время их возможности могли ослабнуть", - сказал источник "Дождя", близкий к Кремлю.
Митволь рассчитывает на то, что нижняя палата согласится на расследование. "По делу Шайхутдинова уже были осуждены и вышли на свободу двое его подельников - Ибрагим Сулейманов и Татевос Суринов, таким образом, ему нужно инкриминировать создание организованной преступной группы, срок давности по которой составляет 15 лет", - отметил он.
Речь идет о партнерах Рифата Шайхутдинова по ряду предприятий авиационной отрасли - бывшем гендиректоре ФПГ "Российский авиационный консорциум" и Российской футбольной премьер-лиги Татевосе Суринове и его заместителе Ибрагиме Сулейманове. В 2007 году Басманный суд Москвы приговорил первого к десяти годам и семи месяцам, а второго к десяти годам и десяти месяцам лишения свободы в колонии строгого режима по обвинениям в крупном мошенничестве с аэронавигационным оборудованием, которое было приобретено для международного аэропорта Казани.
Как писала газета "Новые известия", в середине 90-х годов руководство республики Татарстан закупило для нужд аэропорта "Казань" специальное навигационное оборудование французской фирмы Thomson стоимостью более 30 млн долларов. Когда в 2001 году оборудование уже было установлено в аэропорту, потребовалось еще четыре млн долларов таможенных платежей. В бюджете Татарстана этих денег не нашлось и в 2002 году оборудование было продано за те же четыре млн долларов "Российскому авиационному консорциуму", а он, в свою очередь, продал его за десять млн. долларов еще одной коммерческой фирме.
Первоначально прокуратура Татарстана, а затем и Генпрокуратура посчитали, что подобная сделка со специальным оборудованием федеральной собственности была незаконной. Суринову и Сулейманову были предъявлены обвинения в хищении в особо крупном размере. Кроме того, следствие заподозрило, что подконтрольные Татевосу Суринову фирмы фактически выкупили это оборудование сами у себя, поэтому бизнесмену были предъявлены дополнительные обвинения в "легализации имущества, приобретенного в результате совершения преступления".