Щекочихин родился в 1950 году в Кировобаде Азербайджанской ССР. В 1975 году окончил факультет журналистики МГУ, работал корреспондентом газеты "Московский комсомолец", специальным корреспондентом "Комсомольской правды", был редактором приложения "Алый парус". С 1980 года Щекочихин работал в еженедельнике "Литературная газета" ("ЛГ") специальным корреспондентом, затем - редактором отдела расследований; до 1996 года был членом редакционной коллегии "ЛГ".
В 1990 году Щекочихин был избран народным депутатом СССР по Ленинскому территориальному округу Ворошиловградской области. С 1990 по январь 1992 года - член Комитета Верховного Совета СССР по борьбе с преступностью и комиссии по борьбе с привилегиями.
С 1995 года - автор и ведущий программы "журналистского расследования" "Специальная бригада" на ОРТ. В октябре 1995 года программа была снята с эфира руководством телеканала, которое заявило, что фигура Щекочихина "дестабилизирует обстановку в стране".
В декабре 1995 года был избран депутатом Государственной Думы РФ по списку "Яблока"; член фракции "Яблоко". С февраля 1996 года - член Комитета по безопасности Государственной Думы РФ.
С июля 1996 года - заместитель главного редактора, редактор отдела расследований еженедельника "Новая газета. Понедельник" (бывшая "Новая ежедневная газета"). С января по март 1997 года - заместитель главного редактора - ведущий редактор, с марта 1997 года - заместитель главного редактора - исполнительный редактор, затем - заместитель главного редактора "Новой газеты", куратор отдела расследований.
В марте-апреле 1997 года участвовал в освобождении военнослужащих российской армии, насильственно удерживаемых на территории Чечни в период военных действий.
В апреле 1997 года постановлением Государственной Думы РФ был включен от фракции "Яблоко" в состав Комиссии по проверке фактов участия должностных лиц органов государственной власти РФ и органов государственной власти субъектов РФ в коррупционной деятельности, являлся председатель подкомитета комиссии.
С июля 1988 года Юрий Щекочихин являлся членом исполкома Оргкомитета историко-просветительского общества "Мемориал". С 1993 года - президентом Международного фонда в поддержку молодой творческой интеллигенции.
19 декабря 1999 был избран депутатом Государственной Думы РФ третьего созыва по списку "Яблоко". В Государственной Думе в январе 2000 года вошел в депутатскую фракцию "Яблоко".
Юрий Щекочихин был экспертом ООН по организованной преступности.