Прокурор Москвы Михаил Авдюков отметил, что сейчас изучаются различные аспекты служебной деятельности заместителя префекта, которые могут "вывести на людей, недовольных его политикой". Однако правоохранительные органы подчеркивают, что другие возможные версии совершения этого преступления тоже будут рассматриваться. По факту убийства Сергея Балашова в пятницу было возбуждено уголовное дело по ст. 105 УК РФ. В оперативно-следственную группу вошли сотрудники прокуратуры, ФСБ и ГУВД Москвы. Сейчас оперативный штаб по расследованию убийства рассматривает наиболее опасные контакты Балашова, которые, возможно, привели к его смерти.
Убийство Сергея Балашова произошло в пятницу утром, приблизительно в 8:45. В это время чиновник приехал на работу. Балашов не успел зайти в подъезд префектуры: по дороге к нему подбежали двое преступников и несколько раз выстрелили из пистолета Макарова с глушителем. От двух огнестрельных ранений в голову Балашов скончался на месте. Преступники скрылись, предварительно выбросив пистолет в ста метрах от подъезда префектуры. По словам прокурора столицы Михаила Авдюкова, есть свидетель преступления, который видел двух убегающих с места происшествия мужчин. По его описанию уже составлены фотороботы убийц. С 1990 года Сергей Балашов работал заведующим строительным отделом Солнцевского райисполкома, в 1991-92 годах был заместителем супрефекта в муниципальном районе Ново-Переделкино, а с 1992 по 1996 год он был главой районной управы этого района. В октябре 1996 года Балашов был назначен начальником управления строительства и землепользования ЗАО, а в октябре 1997 года он стал заместителем префекта округа и курировал вопросы строительства, жилья и землепользования.