По данным следствия, бывший первый заместитель начальника управления капитального строительства (УКС) службы обеспечения деятельности ФСБ был похищен в конце мая 2018 года. Безработные Магомед Гаджиев и Роман Глушко установили за ним наблюдение, дождались, когда Пастушков высадит из своего автомобиля дочь, затащили его в Hyundai Solaris и вывезли в подмосковный город Видное. Там в арендованном полузаброшенном доме Пастушкова избивали и пытали электрошокером, требуя выдать местонахождение спрятанных денег. По данным газеты, генерал-майор заговорил только под угрозой применения раскаленного паяльника.
Ночью похитители проникли на участок Пастушкова в элитном коттеджном поселке в Одинцовском районе Подмосковья и выкопали семь пластмассовых контейнеров, в которых в разной валюте находилось в общей сложности 5 млн долларов (315 млн рублей по курсу на июнь 2018 года). Вернувшись в Видное, похитители посадили Пастушкова в свою машину и высадили на дороге в Раменском районе. Отставнику удалось остановить одну из проезжавших мимо машин, водитель которой доставил его в больницу.
По описанию, составленному со слов генерала, сотрудникам уголовного розыска и ФСБ довольно быстро удалось выйти на предполагаемых похитителей. Из их машины и съемной квартиры изъяли около 200 млн рублей в различной валюте. Остальную сумму они успели потратить на новые машины, рестораны и девушек.
На начальной стадии расследования оба фигуранта признавали свою вину, но потом отказались от прежних показаний и общения со следователем. Сейчас Гаджиев и Галушко утверждают, что не участвовали ни в похищении генерала, ни в вымогательстве денег. Тем не менее им предъявлено обвинение по обоим пунктам (ст. 125 и ст. 163 УК). Сам Пастушков утверждает, что его перепутали с кем-то из богатых соседей. По его версии, никаких ценностей на его участке злоумышленники не находили. Теперь арестованные в рамках дела деньги будут обращены в доход государства.
Ранее Пастушков проходил по уголовному делу о мошенничестве в управлении капитального строительства (УКС) ФСБ. С 2008-го по 2015 год Пастушков был первым замначальника УКС, и за этот период официальный доход генерала составил 19,7 млн рублей, а его супруги Татьяны - 7,5 млн рублей. При этом из банковской ячейкие генерала в ходе обыска по делу изъяли 1,1 млн долларов и 5 млн рублей, а еще 614 тысяч рублей - из квартиры его дочери. Кроме того, загородный дом и участок бывшего замначальника управления ФСБ были оценены в 23 млн и 13 млн рублей. соответственно. В результате прокуроры и суд установили, что Пастушков "продолжительное время скрывал от службы и общества" свои коррупционные доходы и их поступление из незаконных источников.