Обвинение в изнасиловании Эльзы Кунгаевой с полковника снято, поскольку судебно-медицинские и биологические экспертизы этого факта не подтвердили.
По данным государственного обвинителя, днем 26 марта 2000 года Юрий Буданов, будучи командиром 160-го танкового полка, расположенного в Чеченской республике, распивал спиртные напитки с подчиненными и с начальником штаба полка Иваном Федоровым. Затем Федоров приказал открыть огонь на поражение по одному из домов поселка Танги-Чу Урус-Мартановского района Чечни. У Буданова и Федорова якобы были данные о том, что этот нежилой дом чеченские боевики использовали для наблюдения за российскими военными.
Старший лейтенант Роман Багреев отказался выполнять приказ, после чего Буданов и Федоров избили его и посадили в яму. Свои действия Федоров объяснил тем, что хотел проверить готовность роты к проведению боевых операций. Кроме того, Федоров утверждал, что Багреев сам спровоцировал драку.
Примерно в полпервого ночи полковник Юрий Буданов и сопровождавшие его трое военнослужащих насильно забрали 18-летнюю Эльзу Кунгаеву из ее дома в поселке Танги-Чу и на БМП увезли ее в расположение полка. Около трех часов ночи 27 марта по приказанию Буданова сопровождавшие его военнослужащие увезли труп Кунгаевой и закопали в лесопосадке.
На предварительных допросах Юрий Буданов не отрицал, что убил девушку, но утверждал, что сделал это в состоянии сильного нервного возбуждения. По его словам, он имел данные о том, что в доме Кунгаевых скрывается женщина-снайпер, которая работает на чеченских боевиков.
Родственники Эльзы заявляют, что она не имела никакого отношения к незаконным вооруженным бандформированиям. Родители Кунгаевой потребовали выплатить им 5 млн. рублей за нанесенный моральный ущерб и около 35 тыс. рублей - за материальный.
Адвокат отца девушки Виссы Кунгаева Абдулла Хамзаев выступил с ходатайством о перенесении рассмотрения дела в Урус-Мартановский район Чечни. По мнению Хамзаева, это помогло бы предотвратить подобные инциденты и убедило бы чеченское население в том, что они находятся под защитой федеральных законов. Суд отклонил это ходатайство.