Епархия, объединяющая 12 приходов на территории Чукотского автономного округа, была образована в 2000 году. До июня 2008 года ее возглавлял епископ Диомид (Дзюбан). Однако за деятельность, вносящую смуту в ряды верующих, он решением Архиерейского Собора был лишен сана и отстранен от руководства епархией.
До сегодняшнего дня временно исполняющим обязанности правящего архиерея был архиепископ Хабаровский Марк (Тужиков).