Главным побуждением для создания института явилось, по мнению учредителей, отсутствие в России каких-либо серьезных подвижек в реализации права граждан на свободу совести. В сочетании с неразвитостью конституционных принципов такое положение приводит к тому, что российское законотворчество в этой сфере сосредоточено исключительно на деятельности религиозных объединений. Понятие "свобода совести" в науке и законотворчестве трактуется у нас зачастую как синоним религиозной свободы. Конституционное право граждан на свободу совести, упоминается при этом лишь в качестве декларации, что отвечает специальным интересам власти и конфессиональной бюрократии, но не общества в целом.
Авторы концепции института ставят перед собой задачу вывести исследование проблемы свободы совести за рамки узкого круга юристов и религиоведов, "приватизировавших, - как отмечают учредители, - цех свободы совести", сделать изучение этой проблемы достоянием и заботой общества в целом.
Институт намерен заниматься научно-исследовательской, учебно-просветительской и издательской деятельностью, взаимодействовать с российскими и международными научными и общественными, государственными и негосударственными организациями. В этом направлении учредителями уже проделана определенная работа: отслежены тенденции российского законотворчества в области свободы совести, проведена правовая экспертиза документов, призванных регулировать государственно-церковные отношения, и проекта Федерального закона "О традиционных религиозных организациях в Российской Федерации". Результаты исследований опубликованы в научной печати. Позитивным итогом этой работы авторы считают то, что благодаря ней была приостановлена реализация некоторых законодательных инициатив, являющихся, по их убеждению, антиконституционными.
В научно-консультативный совет института вошли известные российские юристы, религиоведы, историки и философы. Возглавили Институт свободы совести С. Бурьянов и С. Мозговой.